前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")
seqs_aahead(seqs_aa)
$akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"
也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)
ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)
ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")
通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
如今买包似乎成为了人们越来越热衷的一件事儿,而大多数人的第一个奢侈品包包都是路易威登。这是为什么呢?我们常常听说路易威登是一个极具“旅行精神”的品牌。这又是为什么呢?这两个问题的答案其实都离不开路易威登的发展史。1835年,年仅14岁的路易·威登带着闯荡大城市的憧憬只身一人前往巴黎,身无分文地硬生生靠自己的双腿花费了一年的时间才从家乡弗朗什孔泰省到达巴黎。
又一个虐狗日就要来了,七夕情人节各位姑娘们是不是在等着收男票的礼物呢。小伦知道其实姑娘们最中意的还是包包这片广阔无垠的大草原,今天小伦就根据12星座女生的个性,来为大家种种草。姑娘们,为了避免你们的男票送出惊人奇葩的礼物,快让男票来看看临时抱个佛脚也好。和星座有关的文章,往往都是从白羊座说起到最后的双鱼座,好无趣啊!
晚上好啊~好久没写包了,今天来推荐一期百元到千元级的包包,主要都是国货品牌。这几年国货包包越来越受欢迎了,在明星的街拍、杂志大片和电视剧里经常出现,我们之前写包包推荐,大家对国货包的热情也很高。▼崧songmont保龄球包它们这么火不是没有原因的,除了款式越来越时髦、个性,国货包多多少少还是会有些价格优势,
今天介绍各大品牌大牌入门级包包,个性时尚又实用,下面就一起来看看这几个品牌的经典款包包吧~-lv 路易威登作为lv最受欢迎的包袋之一,neverfull有着大容量和灵活的风格,用于旅行或平常使用都非常合适。它的外表经典简约,优质的帆布材质和品牌标志性的花纹也是非常有吸引力。-dior迪奥dior saddle bag 可以说是所有包包中最受关注的款式之一,它的设计非常独特,有着马鞍形的水波纹设计,以及金属细节的灵感来源于品牌的经典配饰。
视频请点击下方链接:全球前十奢侈品公布,一国货品牌竟榜上有名随着经济水平的不断提升,很多人对物质的追求越来越高。特别是最近几年,大家对奢侈品的热爱程度飙升。不过在大多数人的印象中,奢侈品一般都是一些洋品牌,国货几乎没有入围过这个行列。但是今年英国某评估机构公布的全球十大高档奢侈品榜单中,竟然出现了一个国产品牌的名字。
上海3家咖啡馆跟lv合作,只要买2本书,就送一个lv帆布袋。帆布袋3个颜色,跟咖啡店的门头颜色一致,一时吸引了很多年轻人。室外近40度的高温,烈日照射,也阻挡不了他们排队的热情,排队的长度,居然到了保安维持秩序的程度。这些排队的人,大多是女孩,也有男孩帮女友买,还有人从周边城市赶来,花点路费不在意,只想尽快拥有一个lv标识的袋子。
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近年来的包包层出不穷,好多小姐选包也许会感觉眼花缭乱,但是无论是什么类型的包包,都有经典款式,一定要买经典款,今天小编就给大家整理了54款六大品牌经典包包合集分享给大家,一起来看看吧~`暗中观察r`tory burch 汤丽柏琦:tory burch 是轻奢届的头部玩家,从质量到设计都是妥妥的紧致细腻,近些年多个奢侈品牌都热衷于老花。
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真皮包掉皮了怎么补救方法一:首先清理干净皮包,然在掉皮的地方涂上鸡蛋清,等鸡蛋清干了以后,涂一层与包包颜色相同的鞋油,然后放置阴凉处晾干就可以了,最后可以再涂上一层増亮油。方法二:使用和包包同颜色的蜡笔,然后再掉皮的位置进行轻轻擦拭,直到掩盖掉皮的位置即可。方法三:使用同颜色的指甲油来涂抹,指甲油最好选择防水不易掉的,这样能够暂时补皮包掉皮的位置。