前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")seqs_aahead(seqs_aa) $akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)

ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
哇塞,脸上痘痘真的好很多了。坚持照雷利奇的红蓝光,注意好休息,注意好饮食就可以。我们家摄影小妹妹这个一脸的包,如果说你们脸上也是有包包的、有痘痘的、有这种痤疮的,学会用蓝光去异议红火,去抑制那些小君君,平时注意卫生,不能上手抠,不能上手挤雷利奇。四、五零纳米的蓝光搭配线的功率能量,整个对于一些痘痘、痤疮包括一些水油失衡,整个堵塞毛孔就是特别好的一个改善。
第一名:爱马仕hermes 代表包款:birkin kelly constance第二名:香奈儿 chanel 代表包款:chanel cf第三名:路易威登louis vuitton 代表包款:neverfull第四名:迪奥dior代表包款:戴妃包第五名:古驰gucci代表包款:酒神包第六名:芬迪fendi
省钱啦,28款手工包,都是手工钩编的,附2款毛线编织图解。还是那句话,美好春日,遇见更美的你~~拎着自己手工钩编的包包,那就更美更美啦~~今天分享的包包,都是手工doy钩编的,款式简单大方,有点编织基础的小伙伴,应该一看就明白。其实手工钩编的包包,不一定就非得用毛线来钩编,其他很多绳状的材料都可以用起来哦,比如:棉绳、麻绳、棉草拉菲、针织布条、尼龙困扎绳等等等等······
刚进外贸这一行的朋友十有八九都会提起外贸原单相关的问题,比如外贸原单是什么意思?外贸原单是正品吗?淘宝上的外贸原单是不是假货?等一系列问题。那么今天小渔夫就跟大家聊一聊外贸原单的那些事。外贸原单一、外贸原单是什么意思外贸原单是国外品牌在中国工厂代工的,并且由品牌方提供面料、版型,但是由于各种特殊情况,流出工厂的成品。这种货在市面上也称为余单,尾货,全称叫做原单尾货,也有叫外贸尾单。
家里的母婴用品繁多又杂乱,出个门忘记带这忘记带那,旅途中狼狈地给宝宝找东西,那么真的太需要一个妈咪包了。今天我就来跟大家分享一下,我的妈咪包里通常要放哪些必备用品,大致分为两大种类:妈咪的物品和宝宝的物品。一、妈咪物品作为一个时尚辣妈,自然我的妈咪包不全是宝宝的东西啦。一般妈咪包背后都有暗格,可以用来放手机和钱包,很安全。
适合新手的包包教程又来了,这个系列的包包教程钩法相对都比较简单,也是入门级的钩包教程,用到的基本都是最基础的针法,没什么繁琐的花样,但钩出来的包包外形还是很靓丽的,所以说,钩包最重要的还是包包的型,并不是说钩得多复杂就好看。而且有很多人就喜欢朴素大方的包包,搭配衣服也不显突兀,太花哨的有时反而不好搭配。
上门收货怎样才能减少损失?这篇文章干货满满。首先,看磨损程度。有些奢侈品即便原价高昂,但经过岁月的洗礼,回收价格也不高。例如,一个黑色的维多利亚和一个lv的新款法盾,原价数万,但回收时仅值数千元。上门回收时,我碰到了一位白领回收小姐,她让我去她的工作单位收包。她收到了一个黑色的维多利亚和一个lv的新款法盾,这些奢侈品买对了真的很保值。
包包是女人的必备品。哪个女人随随便便没有几个包包的。对于女性朋友来说再多的包包也不算多。女神节已经到来,男票们是该行动的时候了,小编给你推荐十款女士品牌包包排行。1、louis vuitton (路易威登) 品牌女包最为世界顶级女包的代表,lv的价值相信是得到大家的一致认可的。高贵,奢华,独树一帜的风格都是其他品牌不能比拟的。
各位还记得2008年的金融危机吗?这场金融危机不但让许多人手中的财富一夜之间化为乌有,更给世界上多个国家的经济发展带来严重的影响。而当时我国政府为减少这场经济危机对本国经济构成的不利影响,在市场上投放4万亿元用以救市。但来自香港华人置业集团主席刘銮雄在金融危机爆发后的3年,他手中的财富不但没有受到金融危机的影响,反而个人财富暴增3倍。
#头条文章养成计划# 我总觉得“包治百病”这话容易误导女人,因为似乎在引导着我们都要拥有名牌的、流行的或是所谓代表赚钱能力的包,才算是踏入成功人士行列,或至少,有个愿意为你买包的好老公。可如果抛开所谓外界的标准,身为芸芸众生的我们,所赚的薪水也有限,真的需要去追求名牌包吗?谁说生活幸福或好品味的标准都要用高昂的奢侈品来衡量,更何况,不追求名牌,我们一样能找到适合自己的时尚单品,而且反而更独特不会撞衫,是更靠谱的时尚思路。