前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")seqs_aahead(seqs_aa) $akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)

ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
晚上理东西的时候,找到几个很多年前买的包包,那时候流行过一阵邮差斜挎包,因为当时的一些偶像剧里的女生常常会背这样的包包,所以很多女孩都会去模仿,也会去买这类包包。回想一下我出过的包包种类里,偏正式的比较多,适合的往往也是比较成熟一些的女性朋友,那今天我们就来出一款邮差包的教程,钩法非常简单,原理也很容易理解,示范用的是空心线(大家用别的线也可以),3.0mm的钩针。
hello大家~前段之前聊了换季的美甲还有一些衣服搭配,发现好久没分享关于包包的内容了!今天就来一期新品包包分享,希望能给屏幕前的你一些新的买包灵感。hermèshermès 2022秋冬这一季非常有创意 ,好几款新包都是在经典包款的基础上加入了一些新的设计,让整个包包散发出完全不一样的气质。像这款 kelly en desordre。
近年来,双肩包作为一款实用又时尚的背包,在大众生活中越来越受到欢迎。许多知名的品牌也纷纷推出了自己的双肩包产品。这些大品牌的热门双肩包给人带来了无限的选择,同时也成为了流行潮流的代表。以下是几款备受瞩目的大品牌热门双肩包合集。比起斜挎和手拿包,双肩更适合学生党,同样很多男生的奢侈品包包选择也会是双肩包
晚上好啊~好久没写包了,今天来推荐一期百元到千元级的包包,主要都是国货品牌。这几年国货包包越来越受欢迎了,在明星的街拍、杂志大片和电视剧里经常出现,我们之前写包包推荐,大家对国货包的热情也很高。▼崧songmont保龄球包它们这么火不是没有原因的,除了款式越来越时髦、个性,国货包多多少少还是会有些价格优势,
包包是我们生活中较为常见的一种物品,因其能让你的穿搭更具亮点,因而每个人的衣柜都少不了它。但由于很多人换包包的频率很高,有时送别人一个钱包也是表达感情的一种方式,那么送钱包可以送红色的吗?钱包旧了如何处理成了很多人比较关心的。为何不能送红色包包1、 将财运拱手让人包包,尤其是钱包代表着自己财运和钱财,如果你将钱包送给一个并不是十分亲关系的人,那就等于是将自己的财运送给别人了。
“穿搭要时髦,包包不能少”,虽然这可能是爱包星人购置包包前的一种自我安慰,但一个好看而又实用的包包,确实能为整个造型锦上添花、丰富立体层次感,同时也提供一定的收纳空间,让你更轻便地出行。要说名人圈中的爱包人士,kylie算一个,拥有的包包数量多到可以放满一个房间,而其包款共同的特点,便是“高颜值”。
在针线手工里面,不管是拼布、绣花还是裁剪、编织等,毛线钩编大概会排到第一的位置。因为每个织女们最早接触的就是毛线,从打小起,第一个接触的就是毛线,看着自己的妈妈给自己织毛衣、钩鞋子。每当这些成品穿在身上时候都会倍感温暖!而小爱今天给大家分享是钩编包包。不管是毛线,还是蕾丝钩织的、甚至于只是简单花片拼接的,都让小爱非常喜欢。
hi,小姐妹们晚上好呀,这里是你们爱漂亮的囤囤~这段时间给你们推荐了不少好看的饰品、衣服啥的了,但是穿搭到位了那包包肯定是要安排上的吧?毕竟我觉得吧,包包这个东西真的能够很大程度上提高我们的穿搭质感,一眼看上去就会给人一种“很会搭”的感觉。而且最主要的就是现在春天了,新一季的衣服那必须得配上新的包包才行。
问:幼儿园书包一般是什么材质的? 答:幼儿园书包材质一般可分为主要材质与配件材质,主要材质指的就是包上所采用的大部分材质,选择一般有涤纶、尼龙、皮革等面料。配件材质主要有拉链、拉牌、织带、扣具、五金配件等,一款成品幼儿园书包就是由主要材质与配件材质组合车缝而成。幼儿园书包可以由一种或多种材料制作而成,不同类型的材质选择,幼儿园的书包外观效果以及成本造价都是有一定差异的。
旧牛仔裤做的包也能叫板大牌,看完恨不得立马剪了开始做!旧牛仔裤大概谁都有那么两条吧,舍不得扔掉的,堆在衣柜角落。每每收拾衣服的时候都拿出来想一想,不想扔又放回去,时间久了衣服多了没有办法,再考虑扔掉。旧牛仔裤的利用铺天盖地的充斥在生活中,因为它结实耐磨,也颜色考究,所以很得改造达人的喜爱。于是牛仔裤成了万能百用牛仔,但是也许你没有想过一个旧的牛仔裤,可以做成那么时尚且讲究的包包,拿出去绝对不输人家外面买的。