前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")
seqs_aahead(seqs_aa)
$akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"
也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)
ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)
ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")
通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
通过闻包可以辨别包包的真伪。原来a货包包有其独特的气味。你们鉴定师为什么要闻包?听起来有些奇怪。今天的视频非常有味道,让我们来了解一下为什么鉴定师喜欢在看东西时闻一闻气味。通过闻气味,鉴定师可以判断包的使用时间。有些包使用时间久了,气味会逐渐消失,这是正常的。·第二,如果闻到了一股很浓的皮革味,说明这个包一定是不对的,可以结合其他鉴定点来判断。
笔记本电脑作为便携式职场办公,校园学习工具,娱乐设备等让很多人对它的便携性爱不释手,随时随地都有电脑用,便携就容易出现刮碰是难免的,我最新入手了一台macbook pro,这娇贵的铝合金外壳,一碰就是一个不可恢复的外伤,都说要有自己的使用痕迹,磕碰是难免的,但是我这个完美主义者,还是想让它来的晚一点。
孟晚舟的穿着确实很优雅,而且她的魅力并不仅仅在于外表。作为一个经验丰富的商业人士,她懂得如何利用自身的气质和着装来展现自己的专业素养和风格。尤其是在50+后重新亮相的孟晚舟,她的优雅穿着更是深入人心,让我们发现优雅是可以随着年龄增长而愈发强大的。这种优雅的精神内涵甚至比青春美貌更值得借鉴和追求。虽然每个人对于“会穿”的定义不同,但是孟晚舟毫无疑问将自己的优雅穿着展现得淋漓尽致,这也是她成为热门话题的原因之一吧。
2023年最受欢迎的奢侈品牌是什么?奢侈品行业度过了一个不错的年份。在4月份达到历史最高点后,截至2023年6月12日,stoxx欧洲奢侈品指数上涨了22.81%。一个具有历史意义的里程碑是——全球最大的奢侈品集团路威酩轩(lvmh)成为了欧洲市值最高的公司,其市值超过5,000亿美元。在这个背景下,奢侈品行业咨询机构luxe digital基于多个来源数据,发布了全球最受欢迎奢侈品牌排行榜。luxe digital以德勤的顶级奢侈品公司榜单和福布斯最有价值品牌榜单为基础,又使用google trends
迪奥(dior)品牌创立于1947年,是法国巴黎著名奢侈品品牌,高贵优雅是其代名词,推出了许多经典款包包,每年也不断有很强劲的新款加入,而且每一款都有各自的风格特点,在奢侈品包包中一直处于经久不衰的位置!今天小编给大家整理了目前dior最热门的几个系列的包款,想入手的小可爱们看过来!1、lady dior(戴妃包)、saddle(马鞍包)
1925年、罗马街头开设了一家从事皮件和手袋的专卖店阿黛勒·芬迪在佛罗伦萨学会了皮革制作的工艺运用在店内所有皮件及手袋的设计后来,罗马最热闹的街口另设立了一间皮草工作坊芬迪品牌正式创立于罗马门店专门生产高品质毛皮制品它凭着优质的产品个精湛的工艺受到当时罗马名门贵族及社会新贵的推崇和喜爱生意川流不息,迅速发展起来
俗话说,“包”治百病,没有几个女孩能够抵挡着美貌包包的诱惑,不管你拥有了多少美丽的包包,都永远在期待着下一只包包的美好。今年,小胖妞种草了各种带金属元素的包包,没有一直金属元素的包包,感觉都不好意思在时尚圈混……在包包上除了传统的金属拉链,多加的金属元素更能够让包包展露出自己的个性,加上了金属元素包包有多可爱多好看,小胖妞今天就告诉你!
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