前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")seqs_aahead(seqs_aa) $akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)

ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
上回我们说完了《顶楼》的绝对女主,沈秀莲的穿搭,今天我们来说说剩下两位女主的穿搭2千瑞珍——恶毒的女配,经典的坏女人千瑞珍在《顶楼》是一个很经典的坏女人的角色,作为一名富二代,她十分嫉妒唱歌比自己好的吴允熙。而作为同样住在赫拉宫殿的业主,她又嫉妒比自己成功的沈秀莲,出身好,嫁了比自己丈夫还要成功的男人。
打包带别名捆扎带,经常在快递包装时候使用。在我的记忆里,家里用的菜篮子,好像就是用塑料的打包带编的,防水而且很耐用,一个就能用好几年。那时的编法看着大部分都是十字格子的编法,非常普通,毫无新意。让人一看此物,就是个菜篮子而已。作为一个手工爱好者,我们其实只要搭配的颜色和编的图案运用更高级的技法,包包不仅变得更加精致,而且漂亮哦!
对于想买包包的女生来说,市面上很多名字相似却又捋不清关系的品牌,今天我们就来讲一讲知名度比较高的几个包包品牌要比较谁的档次高、知名度大之前,我们先来搞清楚ck和小ck,mk和小mk他们之间的区别ck全名是calvin klein,美国时装品牌,价格大概1000?小ck全名是charles keith,新加坡品牌,因和以上品牌首写字母相同,故被称之为小ck,价格500左右
作为世界知名运动休闲品牌,年轻人喜欢的运动休闲潮牌,阿迪耐克可以说是无处不在了。一句“我可以踩你的aj吗”更是引爆的潮流。总之,不管是高仿还是假货,阿迪达斯耐克一直都在存在我们周边,而关于阿迪、耐克鞋子如何辨别真假也是一个老生常谈的话题了,网上也有很多的辨别方法,今天小编就来为大家介绍一下如何辨别阿迪达斯、耐克鞋子的真假。
!以往yohood!总体给人感觉更男生friendly、参加的品牌也总是偏街头和潮流。2018年不但看到chanel的美妆产品在场内入驻,还很意外地看到了来自la的手袋品牌,pop suki它们应该是刚刚进中国,这个品牌是「水房姑娘」suki waterhouse和好朋友poppy一起在la创立的。就和少女们的友情一样,包包都梦幻、少女、可爱得不得了~
男生如何三秒打造时髦人设,拥有一个质感不错的大牌包是最省事的选择。今天咱就来盘一盘如今最值得入手的43款大牌男包, 各位可以根据喜欢的包型做选择。喜欢无性别风的女生,这些包你们也绝对不要错过,会是你们的天菜!想要获取更多二s行情,欢迎随时来敲迪奥|ysl|prada|gucci|lv|巴黎世家|bv
秦岚在《延禧攻略》里面饰演的白月光富察皇后给很多观众留下了深刻的印象,角色该有的情绪和表情她都表演了出来,可见是个实力演技派演员。不论是在剧里还是在现实中,秦岚给人的感觉都是柔柔弱弱的,但是你能想象她是东北人吗?她出生在辽宁沈阳,在大学毕业以后因为长相出色进入了娱乐圈,在《还珠格格》里面饰演知画被大众熟知。
a4彩纸一张,如图折成四等份。沿中间对折一次。下面向上折1.5cm左右。展开后两边向中间折。如图所示折一下。四个边全部折一下,展开成如图的样子。如图左边折进去。右边向上折1.5cm左右。如图折两个小三角。把小三角折进去,粘起来。右边粘起来,成如图的样子。如图在前面粘一个宽1.5cm的纸条。粘上手提带,漂亮的手提包就做好了。
英国王室成员于当地时间6月19日齐聚一堂,现身温莎堡的圣乔治礼拜堂,参与一年一度的嘉德勋章(order of the garter)授勋仪式。当中出席的威尔士王妃凯特kate middleton与爱丁堡公爵夫人sophie helen rhys-jones皆选用苏格兰奢侈皮具品牌strathberry的经典香草钻石色(vanilla/diamond)款式亮相,配上截然不同的优雅衣饰,各自散发出迷人风采。
如何缩短包带。肩带过长会让人感觉气场下沉,不同的肩带如何调整长度呢?·方法1:将肩带的另一侧扯下来,调整角度后进行编织。将固定一侧的肩带捏成小耳朵,用另一侧穿入并拉紧,然后继续编织。重复上述步骤,编织成麻花状,直到长度合适。·方法2:将肩带绕一圈,形成较小的麻花状,可作为手拎包使用。将肩带放下时,会形成不同的设计感。