前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")
seqs_aahead(seqs_aa)
$akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"
也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)
ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)
ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")
通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
包菜是十字花科芸苔属两年生草本植物,又叫甘蓝、洋白菜、莲花白、卷心菜,是世界上栽培历史最久,面积最大的蔬菜之一,包菜具有适应性强、高产、抗病、吃味好、栽培容易,是解决淡季的主要叶菜。包菜分春包菜栽培和秋天包菜栽培。一、包菜种植时间包菜属于两年生的蔬菜,全生育期可以分为营养生长和生殖生长两个阶段。从第一年的夏秋季节播种到结球完成为营养生长期,到第二年春暖日长抽苔开花结种为生殖生长期。
最近也写了蛮多穿搭分享,有了漂亮衣服当然也要买好看的包包啦~就像螺蛳粉里不加酸笋,是没有灵魂的!但每当说起最实用百搭的包,有几个是怎么也绕不过去的!好看不贵又百搭,还很适合日常通勤,一起来看看吧!那必然有美式复古包包的一席之地啊!两种材质,复古做旧真的很有感觉,搭白t休闲套装也是很好看的,买美式复古包最不容易出错的,
1.买包包,治百病。2.为了衣服包包,而奋斗。3.原谅我这一生,放纵不羁爱买包。4.送你一个漂亮的蓝色精灵宝宝,你每天背着宝贝,就像我在你身边一样幸福!5.你买的包,够便宜么?6.女包诱惑,不止一点点。7.包包好看,不是炫耀是种草,种草还很成功,让人心动想买。8.何以解忧,唯有暴富。9.今年想买一个轻便又能装的大包,选来选去就是它了。
粉色衣服配什么颜色包包?粉色衣服搭配粉色系的粉色,桃粉色,玫粉色包包不仅不会显得太甜腻,反而营造出高级的时髦感,粉色衣服搭配白色、浅黄色、浅灰色,浅紫色,淡蓝色,浅绿色的包包给人感觉非常甜美浪漫,看起来更有个性和清新感;粉色衣服搭配深色的黑色,枣红色,咖色,驼色,焦糖色包包醒目干练,更加有气场有品位。
大家好!今天要给大家分享一些适合男生的第一个大牌包包推荐。无论你是时尚新手还是追求品味的时尚达人,这些品牌的包包绝对能为你的造型增添一份独特的风采。现在就让我来为你们详细介绍以下几个品牌的包包吧!lv(路易威登):lv是世界上最受欢迎和知名度最高的奢侈品牌之一。他们的包包以其经典的设计和高品质的工艺而闻名。
翻新、回收对于手机之类的数码产品来说,早已不是新鲜事,但你能想到吗?轻奢品牌居然也要推出“官方翻新”的包了?近日,coach将在中国市场正式推出(re)loved(转售)项目,“消费者可携该品牌旧包袋前往专柜评估回收”,coach表示,所有回收的包袋都会由品牌专业工匠精心打磨,以全新面貌重返市场销售。
相信不少同学也和线姐一样,在期待着迪士尼万圣季的到来!为什么期待?于得物鉴别而言,其实是个很长的故事……迪士尼去年推出的ip--“女明星”玲娜贝儿,发售第二天起便开始断货,一经推出便火出圈,稳稳登上了迪士尼、乃至潮玩届顶流之位,伴随着一夜爆火而来的,是山寨工厂、假货贩子们“全方位”的售假骗局...由于迪士尼玩偶的制作工艺都比较简单、造假成本低,加上迪士尼备货不足、补货时间长,各路山寨赝品,大张旗鼓地贴着正版的价格;甚至在迪士尼园区,都有黄牛在高价售假。
看到这个标题,相信就有朋友要问啦,“什么是轻奢?”“轻奢的概念是什么?”。轻奢就是在我们消费能力不足以一掷千金,购买大牌的时候,在经济能力许可的范围内,购买一些小件的轻奢侈品,它们往往质量设计上乘,但价格远远比大牌低。而对于女孩子来说,包包无疑是展现品味生活的最好单品!在这其中轻奢女包品牌可以说一个比一个“卷”,下面就是5姐整理的全球十大著名轻奢女包品牌,看看你买过哪些吧~
双十二我买了一件羊羔毛外套,真的超级厚,我在里面稍微加一件毛衣,整个人就变成了一只圆滚滚的北极熊。再加上我同样毛茸茸的帽子围巾手套,整个人就是非常膨胀,坐地铁还差点塞不进座位里!虽然这装备有点笨重,但是u1s1,真的很暖和,走在路上一点都感受不到刺骨的寒风,针不戳!所以我一开心,就把所有手边的东西都
选择箱包cad软件时,您可以从以下几个方面进行考虑:??1. 功能性:选择箱包cad软件时,首先要关注其功能是否齐全,能否满足您在设计箱包时的需求。常见的功能包括:图形绘制、尺寸标注、材料布局、样板制作等。??2. 易用性:软件的操作界面是否直观,新手是否能够快速上手,以及软件中是否提供丰富的教程和帮助文档等,都是选择箱包cad软件时需要考虑的因素。