包包设计图怎么画（绘制序列分析图）

大吴哥 2023-09-23 06:22:04 阅读 (69)

前言

（nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这）（）()（）ggseqlogo，只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列，再根据现成的命令流程就能画出logo图。

安装到作图的代码如下：

安装

安装方式有两种

从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")

数据加载

"ccatatatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccatatatgg" "ccatatatgg" "ccaaatatag"

seqs_aahead(seqs_aa)

 $akt1  "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng"  "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"

外部数据读入

也可以用自己的数据集，支持两种格式，矩阵。

 长度为5的motif矩阵示例，每一列代表一个位置，及碱基在该位置的出现次数。共4行，每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a  10 2 0 8 1c  1 12 1 2 3g  4 0 9 1 1t  0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)

可视化

ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()

ggseqlogo支持以下几种类型数据输入：

序列
矩阵

下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo

ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)

方法

ggseqlogo支持氨基酸、dna和rna序列类型，默认情况下, "1234", seqs_dna$ma0001.1)ggseqlogo(seqs_numeric, method="prob", namespace=1:4)

配色

ggseqlogo提供函数make_col_scheme来自定义离散或者连续配色方案

离散配色

csl - make_col_scheme(chars = c("a"，"t", "c", "g"), groups = c("gr1"，"gr1", "gr2"，"gr2"), cols = c("purple"，"purple"，"blue"，"blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1，col_scheme=csl)

连续配色

cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)

同时绘制多个序列标志

ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)

上述命令实际上等同于

ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group，ncol = 4，scales = "free_x")

自定义高度

通过创建矩阵可以生成每个标志的高度，还可以有负值高度

set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a"，"t"，"c", "g")))ggseqlogo(custom_mat，method="custom"，seq_type="dna")+ ylab("my custom height")

字体

可以通过font参数来设置字体，具体可参考?list_fonts

fonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1，font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))

注释

注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。

更多数据可视化可参考在线工具：

阿玛尼女士包包图片大全

百变风格，不变优雅。标志性galaprima系列包袋，搭载不同色彩和包型解放多元自我。演员张佳宁风格演绎galaprima系列包袋，橙色点亮整体造型，酷飒抢眼。演员张慧雯以giorgio armani2022春夏系列淡粉色连衣裙配衬galaprima 包袋，清秀亦甜美，满溢夏日气息。giorgio armani crossroads品牌大使麦子身着giorgio armani2022春夏系列白色西服外套，搭配galaprima系列包袋，限定蓝色迷彩图案，光芒辉映下，更显绰约风姿。

2023-10-09 阅读 (67)
原创包包店铺推荐（探寻独特设计，尽在原创包包名店）

爱美的阿蒙，一个专注分享时尚美妆穿搭护肤的号，点点关注不迷路！都说女人买包的最终归宿就是真皮包，这话确实不假。真皮质的包包是保值最久的，而且背的越久，上面会逐渐有你的自然印记，皮质更美。真皮材质的包包低调实用百搭，皮质经得起岁月的打磨，用的越久反而越显光泽，始终大气优雅，自带高级感。就如同女性本身一样，越是经过沉淀，越是优雅迷人，不同的时间段去看都有不同的魅力和气质。

2023-10-14 阅读 (64)
阿迪达斯的包包怎么辨别真假（你脚下穿的阿迪、耐克鞋子可能是假的）

作为世界知名运动休闲品牌，年轻人喜欢的运动休闲潮牌，阿迪耐克可以说是无处不在了。一句“我可以踩你的aj吗”更是引爆的潮流。总之，不管是高仿还是假货，阿迪达斯耐克一直都在存在我们周边，而关于阿迪、耐克鞋子如何辨别真假也是一个老生常谈的话题了，网上也有很多的辨别方法，今天小编就来为大家介绍一下如何辨别阿迪达斯、耐克鞋子的真假。

2023-10-08 阅读 (99)
钻石包包拆下的布（钻石绒要怎么清洗）

我们衣服和床上用品都是有各种各样的面料制作而成，其中钻石绒就是比较受大家欢迎的一种材料，但是很多朋友就有一个烦恼，就是不知道钻石绒要怎么清洁。下面我们来看看钻石绒清洁技巧和与纯棉的对比吧！一、钻石绒要怎么清洗？1、清洗若是该料子的沙发不小心沾染上了污垢，首先要知道是不能够用水洗的，应采用干洗剂。由干净的白布蘸少量药剂，在脏处反复擦拭，直至污迹清除。

2023-10-03 阅读 (71)
粉色的包包怎么搭配衣服（这样搭配让你的穿搭更高级）

粉色衣服配什么颜色包包？粉色衣服搭配粉色系的粉色，桃粉色，玫粉色包包不仅不会显得太甜腻，反而营造出高级的时髦感，粉色衣服搭配白色、浅黄色、浅灰色，浅紫色，淡蓝色，浅绿色的包包给人感觉非常甜美浪漫，看起来更有个性和清新感；粉色衣服搭配深色的黑色，枣红色，咖色，驼色，焦糖色包包醒目干练，更加有气场有品位。

2023-11-15 阅读 (58)
逛街包包必备物品清单女生（女生外出包包里的必备清单）

小仙女们在出门的时候都会选择一个和自己风格搭配一个包包，包包不仅是彰显品味的时尚单品，而且还能美美的携带东西，既美观又方便。作为一个精致的猪猪女孩，女生在出门的时候包包里会固定放一些必要的小东西，不仅在需要的时候拿出来用方便，而且给人的感觉很井井有条。最近有很多人都在分享自己的包包里会装什么，今天小编就来和大家聊一聊，女生的包包里应该带一些什么东西吧！

2023-10-11 阅读 (97)
包包的编织方法毛线（20款毛线包包）

在针线手工里面，不管是拼布、绣花还是裁剪、编织等，毛线钩编大概会排到第一的位置。因为每个织女们最早接触的就是毛线，从打小起，第一个接触的就是毛线，看着自己的妈妈给自己织毛衣、钩鞋子。每当这些成品穿在身上时候都会倍感温暖！而小爱今天给大家分享是钩编包包。不管是毛线，还是蕾丝钩织的、甚至于只是简单花片拼接的，都让小爱非常喜欢。

2023-10-01 阅读 (72)
去德国必买包包有哪些（买这些大牌包包）

说到国际品牌发源地，美国绝对是世界时尚之都的大哥，除了经典品牌，也有不少设计活泼的新锐设计师崛起，近几年在全球刮起了一阵旋风！特别是美国本土品牌的包包，通常在美国就是近乎国内5折的超低价，来看看有什么买到赚到的品牌。品牌概要：coach?tory burch?kate spade?michael kors?lesportsac

2023-09-19 阅读 (73)
2021年最流行的包包款式图片（2021年）

说起来，还有一周就农历新年了。虽然今年很多读者可能无法回家过年，不过该置办的行头还是得办，比如身边的同事朋友都在各种染发烫头买新衣……而我呢 —— 捱过了这么难的2020，是时候为自己挑只新包包了。我一边挑，一边还做了份笔记，列了这份23款包的list。今天这篇“新包心动挑战”，你看中了几只，记得留言说说噢～

2023-11-13 阅读 (65)
有哪些轻奢品牌的包包（这7款轻奢包好时髦）

如果你倾向于别致的品味与高级感，拒绝烂大街的款式以及高街货。或者你希望以比大牌低的价格，买到设计、品质都可以与大牌媲美的单品。那，小众轻奢包包品牌了解一下？讲真的，现在的小众轻奢包包，可比某些顶级大牌的设计好看多了，质感、设计感一个都不少。最重要的是，价格便宜太多了。毕竟都2022年了，经济大环境不好，大家都要消费降级，还在意着一个logo那就太out了！

2023-10-31 阅读 (57)